Nach der Konditionierung auf den Clicker soll der Hund nun erfahren, dass er selbst Einfluss darauf hat, wann geclickt und dementsprechend belohnt wird. Beim Clicker-Training bekommt der Hund keine Hilfen durch den Hundeführer, wie es in der klassischen Hundeausbildung vorgesehen ist. Dort lernt der Hund zum Beispiel "Sitz" indem das Hinterteil mit der Hand heruntergedrückt wird, also durch negative Verstärkung. Beim Clicker-Training bekommt der Hund diese Hilfen nicht. Der Hundeführer wartet darauf, dass der Hund mehr oder weniger zufällig das richtige tut. In diesem Moment wird dann geclickt und das Leckerchen verabreicht. Der Clicker wird also dazu genutzt dem Hund sie präzise Information zu geben, dass er das Richtige tut. Wichtig ist es, in dem Moment, in dem der Hund das Verhalten zeigt, zu clickern. Sobald der Hund das Clickern hört, wird er mit der Handlung aufhören und seine Belohnung holen. Soll die Handlung länger dauern, so muss, nach einem Aufbau der Übung, später geclickt werden (vgl. LASER, 2000, S. 26).

Anfangs wird bei einer neuen Übung jedes mal geclickt, wenn der Hund das erwünschte Verhalten zeigt. Um ein fast erlerntes Verhalten beizubehalten ist eine ständige Bestärkung nicht nötig. Es sollte nicht regelmäßig verstärkt werden sondern nur gelegentlich, willkürlich und unvorhersehbar. Dies wird als variable Verstärkung ("Zufallsbelohnung") bezeichnet. Ein Beispiel für die Effektivität der variablen Verstärkung ist das Glücksspiel am Automaten (vgl. PRYOR, 1999, Seite 30).

Zeigt der Hund beim Aufbau einer neuen Übung eine besonders gute Leistung, so kann diese nach dem Clicken mit einer überraschenden und außergewöhnlichen Belohnung, dem "Jackpot", honoriert werden. Dies kann zum Beispiel ein besonders leckeres Futter oder eine größere Futtermenge sein. Der Einsatz des Jackpots ist zum Beispiel für einen plötzlichen Durchbruch sinnvoll. (vgl. PRYOR, 1999, Seite 25)

Zeigt der Hund das erwünschte Verhalten der Übung zuverlässig überall, auch unter Ablenkung, so wird das Signal eingeführt. Dafür wird das Signal in dem Moment gesagt, in dem der Hund die Handlung durchführt und dieses regelmäßig und in verschiedenen Situationen wiederholt. Das Verhalten steht unter Signalkontrolle, wenn der Hund nur dieses Verhalten auf das Signal jedes mal ausführt. Um das Verhalten zu festigen wird es nach Einführung des Signals nicht mehr bei Ausführung ohne vorher gegebenes Signal belohnt (vgl. LASER, 2000, Seite 36).

Zusammenfassend werden also folgende Schritte durchgeführt (vgl. LASER, 2000, Seite 38):

1. Konditionieren auf den Clicker
2. "Shapen" einer ersten Übung
3. Wenn ein Schritt gut klappt variabel verstärken ("Zufallsbelohnung")
4. Anforderungen steigern
5. Einführung eines Signals für die Übung