Bei der Konditionierung auf den Clicker handelt es sich um die klassische Konditionierung. Praktisch wird folgendermaßen vorgegangen:

Auf jedes Clicken mit dem Clicker bekommt der Hund ein besonders gutes, schnell zu fressendes (also kleines, weiches) Leckerchen. Das Futter soll schnell zu fressen sein, damit der Konditionierungsprozess nicht jedes mal durch langes Kauen unterbrochen wird. Nach etwa 10 mal Clicken und Füttern haben die meisten Hunde bereits den Zusammenhang verstanden. Um dies zu Überprüfen kann nach einer Pause einmal geclickt werden, wenn der Hund weg sieht. Schaut er daraufhin erwartungsvoll nach dem Leckerchen, so ist er auf den Clicker konditioniert, d.h. er verbindet das Geräusch mit der Gabe von Futter.

Bereits während des Konditionierungsprozesses sollte die Zeitspanne zwischen Click und Leckerchen variiert werden. So lernt der Hund, dass das Leckerchen dem Click auf jeden Fall folgt, auch wenn dies manchmal einige Sekunden dauern kann. Dies ist besonders wichtig, wenn der Hundeführer weit weg vom Hund ist. Eine Belohnungszeit von maximal einer halben Sekunde kann nur mit der Gabe von Leckerchen nicht eingehalten werden, aber der Clicker kann helfen, diese Zeitspanne zu überbrücken (vgl. LASER, 2000, Seite 24).

Wurde der Hund erfolgreich auf den Clicker konditioniert kann mit dem eigentlichen Clicker-Training begonnen werden.